С сентября 1988 года по декабрь 1999 года работал ассистентом, а с января 2000 по сентябрь 2002 года — доцентом кафедры факультетской ирургической стоматологии с курсом имплантологии Московского государственного медико-стоматологического университета (МГМСУ). В марте 1993 г. успешно защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по теме: «Оптимизация и клинико-лабораторное обоснование абляционных режимов работы импульсно-периодического СО2-лазерного скальпеля при операциях на челюстных костях и органах полости рта».
В 2001 году им была успешно защищена докторская диссертация по теме: «Принципы прогнозирования и профилактики осложнений при дентальной имплантации (клинико-лабораторные исследования)», в связи, с чем в сентябре 2002 года он был избран на должность профессора вышеназванной кафедры. Свою дальнейшую научно-педагогическую работу Э.А. Базикян успешно сочетает с административной деятельностью. С 2003 по 2007 год он являлся заместителем декана по аспирантуре и докторантуре факультета последипломного образования (ФПДО). С 2004 года (по н/в) Эрнест Арамович работает в должности заведующего кафедрой пропедевтической стоматологии и материаловедения и в дальнейшем, с мая 2007 года по май 2010 год, сочетает ее с должностью проректора по учебной работе и стратегическому развитию МГМСУ. С июня 2010 года по январь 2011года Базикян проработал помощником ректора.
Врезка с фотографией
С сентября 1988 года по декабрь 1999 года работал ассистентом, а с января 2000 по сентябрь 2002 года - доцентом кафедры факультетской хирургической стоматологии.
В 2009 году Указом Президента РФ (от 01.11.09 № 1236) Базикяну Эрнесту Арамовичу присвоено звание «Заслуженный Врач РФ»
В настоящее время проф. Базикян Э.А. работает в должности начальника отдела аспирантуры и докторантуры за это время он добился высоких показателей в реализации программы по подготовке научных и научно-педагогических кадров высшей квалификации в области медицины и других отраслей науки. При его непосредственном участии и руководстве в МГМСУ активно внедряются технологии по телемедицине. Помимо проводимой огромной работы в университете Базикян Э.А. выполняет общественно важную научно просветительскую работу в качестве члена редколлегий ряда медицинских журналов.
